Friedhelm Flamme hatte bereits von 1991-1995 Lehraufträge an der Hochschule für Musik Detmold und an der Universität Paderborn in den Fächern Generalbass und Partiturspiel inne.

Seit 2002 gehört er erneut dem Lehrkörper der Musikhochschule Detmold an, derzeit unterrichtet er die Fächer Generalbass und künstlerisches Orgelspiel. Im Wintersemester 2008/09 war er zudem mit der Wahrnehmung des Unterrichts von Prof. Gerhard Weinberger im Fach Orgel betraut und betreute dessen internationale Orgelklasse.

Er tritt im Rahmen von Hochschulveranstaltungen künstlerisch auf, leitet Workshops und arbeit als Juror. Mitwirkung in Prüfungsgremien und Kommissionen sowie die Betreuung wissenschaftlicher Arbeiten runden seine Tätigkeit ab.

Seit 2013 amtiert er als 2. Vorsitzender des Alumni-Vereins der Hochschule für Musik Detmold.

Im Februar 2018 wurde er an der Hochschule für  Musik Detmold für seine herausragenden Leistungen als Musiker und Lehrender zum Honorarprofessor ernannt.